Comunicación de Pedro de Ochandiano a un capitán para que los ministros de la Armada den a conocer la amnistía concedida por el Rey a los militares que se ausentaron sin licencia para que puedan volver sin represalias.

Autos judiciales del corregidor de Burgos, en testimonio del escribano Hernando de Santotis, para indagar la oposición de ciertos parientes y allegados del asesinado Juan de la Peña a la estancia de Juan Pérez de Cartagena Soria en la ciudad, con información de testigos y la declaración de algunos de los antagonistas.

Carta de perdón e imposición de destierro del emperador Carlos I a Juan Pérez de Cartagena Soria, condenado a la pena de muerte, junto con su hermano Martín Pérez de Cartagena, por el asesinato con arcabuz de Juan de la Peña en el año 1541.
Compulsa ordenada por el teniente de corregidor de Burgos el 4 de septiembre de 1548, de la mano del escribano Bartolomé Rojo y a petición de Juan Pérez de Cartagena Bonifaz, padre del reo absuelto.

Carta de perdón e imposición de destierro del emperador Carlos I a Juan Pérez de Cartagena Soria, condenado a la pena de muerte, junto con su hermano Martín Pérez de Cartagena, por el asesinato con arcabuz de Juan de la Peña en el año 1541, en testimonio del secretario Juan Vázquez de Molina.

Carta de intercesión de doña María de Aragón ante el príncipe de Castilla para que a Juan Pérez de Cartagena Soria sea concedido el perdón que este tiene solicitado, con disculpas de la remitente por no escribir de su mano por la dolencia de unas fiebres cuartanas.

Carta de Nicolás Gómez Villabón a Miguel María de Alcibar-Jáuregui Michelena comunicándole que se había confirmado el auto de indulto en la causa formada contra su padre político [Manuel José de Zavala Acedo].

Carta de perdón de Andrés de la Peña a Juan Pérez de Cartagena Soria, en testimonio del escribano Martín de Paternina, por el asesinato de Juan de la Peña, sobrino del otorgante, cuando en el año 1541 estaba acogido a sagrado en Burgos y el destinatario le disparó con arcabuz desde la casa de Garci Ruiz de la Mota.
Copia de Martín de Paternina.

Carta de perdón de Francisco de Solier a Juan Pérez de Cartagena Soria, en testimonio del escribano Alonso Núñez, por el asesinato de Juan de la Peña, primo del otorgante, cuando en el año 1541 estaba acogido a sagrado en Burgos y el destinatario, con ayuda de cómplices, le disparó con arcabuz desde la casa de Garci Ruiz de la Mota.
Copia de Alonso Núñez.

Carta de perdón de Catalina e Isabel de la Peña y sus respectivos esposos a Juan Pérez de Cartagena Soria y a sus cómplices, en testimonio del escribano Asencio de la Torre, por el asesinato de Juan de la Peña, hermano y cuñado de los otorgantes, cuando en el año 1541 estaba acogido a sagrado en Burgos y los destinatarios le dispararon con arcabuz desde la casa de Garci Ruiz de la Mota.
Copia de Asencio de la Torre.

Carta de perdón de Catalina e Isabel de la Peña y sus respectivos esposos a Juan Pérez de Cartagena Soria y a sus cómplices, en testimonio del escribano Asencio de la Torre, por el asesinato de Juan de la Peña, hermano y cuñado de los otorgantes, cuando en el año 1541 estaba acogido a sagrado en Burgos y los destinatarios le dispararon con arcabuz desde la casa de Garci Ruiz de la Mota.
Copia de Asencio de la Torre.

Carta de perdón de Pedro Ruiz de la Mota Villegas, viudo de Beatriz de la Peña, por sí y en nombre de sus hijas menores Beatriz y María de la Peña y en testimonio del escribano Asencio de la Torre, a Juan Pérez de Cartagena Soria y a los cómplices en el asesinato de Juan de la Peña, cuñado y tío de los otorgantes, cuando en el año 1541 estaba acogido a sagrado en Burgos y los destinatarios le dispararon con arcabuz desde la casa de Garci Ruiz de la Mota.

Carta de perdón de Pedro Ruiz de la Mota Villegas, viudo de Beatriz de la Peña, por sí y en nombre de sus hijas menores Beatriz y María de la Peña y en testimonio del escribano Asencio de la Torre, a Juan Pérez de Cartagena Soria y a los cómplices en el asesinato de Juan de la Peña, cuñado y tío de los otorgantes, cuando en el año 1541 estaba acogido a sagrado en Burgos y los destinatarios le dispararon con arcabuz desde la casa de Garci Ruiz de la Mota.

Cartas de María Escolástica de Salazar Sánchez Samaniego dirigida a un amigo, al parecer Manuel Florencio [de Alzolaras], comentándole la situación en que se encuentra su esposo, el embargo de sus bienes y la posibilidad de una posible amnistía.

Cartas reales referentes a las consecutivas penas de muerte y destierro, y a los posteriores levantamientos de ambas, en que estuvo condenado Juan Pérez de Cartagena Soria por participar, con su hermano Martín Pérez de Cartagena Soria, en el asesinato de Juan de la Peña, en la ciudad de Burgos, el año 1541.
Compulsa ordenada por la justicia ordinaria de Tarazona, de la mano del notario Pedro Pérez y a petición del propio reo absuelto, el 5 de diciembre de 1560.
Contiene:

• Carta de perdón de Carlos I a Juan Pérez de Cartagena Soria, condenado a la pena de muerte, junto con su hermano Martín Pérez de Cartagena, por el asesinato con arcabuz de Juan de la Peña en el año 1541, expedida en Valladolid el 15 de agosto de 1548.
• Sobrecarta de la infanta Juana dada en Valladolid a 24 de diciembre de 1557, confirmatoria de la cédula que libró Carlos I para el perdón de Juan Pérez de Cartagena Soria, condenado a muerte por el asesinato de Juan de la Peña.
• Real Cédula de levantamiento del destierro impuesto a Juan Pérez de Cartagena Soria en la carta de perdón del 15 de agosto de 1548, dada en Toledo a 6 de junio de 1560.

Real Cédula de Felipe II, en testimonio del secretario Juan Vázquez de Molina, por la cual es levantada a Juan Pérez de Cartagena Soria la pena de destierro impuesta en la carta de perdón del 15 de agosto de 1548, absolutoria del delito de asesinato de Juan de la Peña, y testimonios de las notificaciones al corregidor de Burgos y a su teniente.

Comentario acerca de que la sentencia del Marqués [de la Alameda] salió bastante ventajosa para las circunstancias del momento y que podría mejorarse con la amnistía que concediese la Reina al alcanzar la mayoría de edad y caracter pacífico que de dicho señor se tenía.

Escrito con las diferencias establecidas por el Conde Peironnet, ministro de Carlos X de Francia, entre los conceptos de amnistía y perdón o indulto.

Información de testigos tomada por la justicia ordinaria de Tarazona, en testimonio del escribano Sebastián de Salcedo y a petición de Juan Pérez de Cartagena Soria, para dar fe de la estancia del solicitante en la ciudad, en cumplimiento del destierro que le impuso la carta de perdón del 15 de agosto de 1548, y de cómo, en calidad de buen vasallo, besó la mano del príncipe Felipe cuando este visitó Zaragoza.

Información de testigos tomada por la justicia ordinaria de Tarazona, en testimonio del escribano Sebastián de Salcedo y a petición de Juan Pérez de Cartagena Soria, para dar fe de la estancia del solicitante en la ciudad, en cumplimiento del destierro que le impuso la carta de perdón del 15 de agosto de 1548, y de cómo, en calidad de buen vasallo, besó la mano del príncipe Felipe cuando este visitó Zaragoza.

Licencia real a Juan Pérez de Cartagena Bonifaz, vecino de Burgos, en testimonio del secretario Juan Vázquez de Molina, para que pueda reedificar la parte de casa que le fue derribada por orden de un alcalde del Crimen de la Real Chancillería de Valladolid que supuso haberse concertado en ella el asesinato de Juan de la Peña.